Nato dall’Antiquarium istituito agli inizi degli anni Sessanta, il Museo conserva l’impianto planimetrico e le caratteristiche tecnico-strutturali tradizionali del baglio ottocentesco, sorto sulle rovine del tempio di Athena, di cui rimangono visibili parte del muro sud della cella e delle fondazioni. La struttura offre pertanto una lettura diacronica della storia dell’insediamento umano nel sito fino ai nostri giorni e si inserisce naturalmente nel paesaggio di sapore africano della campagna costiera sud-orientale siciliana, impreziosita da veri e propri relitti vegetali (boschi a quercus calliprinos, juniperus phoenicea e pinus halepensis) che costituiscono un’importante testimonianza della vegetazione dell’area nell’antichità.
Il Museo raccoglie la documentazione archeologica del territorio camarinese dall’età preistorica alla medievale. Particolare interesse rivestono il Padiglione delle Anfore, ricavato dalla cantina della masseria, e la Sezione Subacquea.